De geschiedenis van Kos gaat een stuk terug in de tijd. Op Kos leven namelijk al langere tijd mensen en de geschiedenis begint in het zogeheten "Neolithicum". Deze periode begon
omstreeks 11.000 voor Christus. Maar pas vanaf ongeveer 1600 voor Christus kwamen de Minoers op Kos. Deze Oudgriekse beschaving bestond al vanaf 3500 voor Christus, met Kreta als
centraal middelpunt.
Nadat dit rijk was gevallen vestigden verschillende andere bevolkingsgroepen zich op Kos totdat Kos zich omstreeks 700 voor Christus aansloot bij de Dorische stedenbond. In het jaar 411 voor Christus veroverden de Spartanen de hoofdstad: Astipale. De bewoners vluchtten en stichtten de stad Kos. Kos sloot in 333 voor Christus een verbond met Alexander de Grote. Het rijk maakte toen deel uit van het Macedonische Rijk.
Kos kwam in het jaar 30 voor Christus in handen van de Romeinen na verschillende oorlogen met de Macedoniërs. Het eiland ging toen deel uit maken van de provincie Asia. Het Romeinse Rijk werd opgesplitst en Kos kwam –samen met andere eilanden- in de handen van de Byzantijnen. Kos had tijdens deze tijd (tussen 330 en 1204) last van invallen van vandalen, goten, slaven en Arabieren. Het eiland is meerdere malen geplunderd geweest.
In de regeerperiode van de Turkse sultan Seleyman de Grote viel de Dodekanesos, de eilandengroep, in Turkse handen. Het eiland werd een vorm van zelfbestuur gegeven en de Orthodoxe kerk werd geaccepteerd. Toen de eilandbewoners meerdere keren in opstand kwamen tegen het Turkse regime, werd het bestuur steeds minder effectief. Verschillende landen hielpen de bewoners bij hun onafhankelijkheidsstrijd. Toch kwam Kos weer onder invloed van de Turken na een ruil met het Griekse eiland Evia.
In mei 1912 zetten de Italianen voet aan wal op Rhodos. De bewoners van Kos waren eerst enthousiast omdat hen beloofd was dat de Dodekanesos weer in Griekse handen kwam. Echter, in 1920, maakten de Italianen van de hele Dodekanesos een Italiaanse provincie.
In de Tweede Wereldoorlog bezetten de Duitsers Kos. De Duitsers waren anders dan de Italianen: een stuk barbaarser. De Joodse inwoners van Kos werden afgevoerd naar concentratiekampen. Na een inval van Groot-Brittannië viel Kos in Britse handen. Uiteindelijk, op 7 maart 1948 vond het weerzien met Griekenland plaats.